Islam har varit den dominerande religionen i Egypten i över tuesn år. Officiellt uppges 94 procent av befolkningen vara muslimer, varav nästan alla är sunnimuslimer. Inofficiella beräkningar visar dock på uppemot en tiondel kristna.

Inom egyptisk islam ryms många olika riktningar. Vissa utöver inåtvänd islamsk mystik, sufism, medan andra ivrar för att bygga samhället helt och hållet på islamisk lag, sharia. En klyfta råder också mellan intellektuella muslimer och den majoritet egyptier som inte studerar Koranen och som ofta blandar islam med magi och andetro.

Efter Egyptens förlust i sexdagarskriget 1967 mot Israel följde en islamisk väckelse. Den bars inte minst fram av den numera förbjudna rörelsen Muslimska brödraskapet, grundade i Egypten 1928. Brödraskapet har fortfarande stöd bland såväl akademiker som outbildade egyptier, och har förgreningar i hela arabvärlden. Rörelsen har framför allt vänt sig mot västerländskt inflytande och har tagit sig an sociala problem bland storstädernas arbetslösa.

Under 1990-talet ökade stödet för underjordiska extrema islamistiska rörelser, till exempel Islamiska gruppen(Jama’a Islamiya) och Jihad som bedrev väpnad terror mot vad de såg som den gudlösa Mubarak-regimen. Det islamistiska våldet har dock minskat sedan slutet av 1990-talet.

I Kairo ligger mosken Al-Azhar som grundlades år 971. Al-Azhar är den sunnimuslimska världens viktigaste lärosäte och dess högsta råd är den främsta auktoriteten för världens sunnimuslimer. I väckelsens spår har al-Azhar blivit ett mäktigt redskap för det växande islamiska inflytandet över Egyptens politik, lagftiftning, utbildning, finansvärld, kulturliv och massmedier. Enligt författningstillägg från 1980 ska sharia utgöra grund för all lagstiftning, men i verkligheten är landets rättsväsen till stor del präglat av västeuropeisk rättslig tradition.

Den koptiska kyrkan i Egypten är Mellanösterns största kristna samfund. Kristndomen kom till landet redan under första århundradet efter Kristus, enligt traditionen med aposteln Markus. I slutet av 200-talet uppträdde de första kristna munkarna i den egyptiska öknen. Ordet Kopt är synonymt med egyptier och användes om den kristna befolkningen när araberna invaderade på 600-talet.

Den finns även grekisk-ortodoxt, katolskt, protestantiskt och armeniskt kristna. Judarna i Egypten förföljdes svårt efter kriget mellan Israel och Egypten 1967. Många utvandrade då till Israel och idag finns bara några hundra kvar. Det är fortfarande vanligt med antisemitiska inslag i egyptiska massmedier.

I över tusen år har muslimer, kopter och judar levt fredligt sida vid sida i Egypten. Konflikten mellan Israel och arabvärlden, samt den växande islamiska fundamentalismen, har dock stört samexistensen.. Många kristna och en del muslimer har dödats i religiöst motiverat våld. Trots att religionsfrihet råder enligt författningen förekommer diskriminering av egyptier som konverterat från islam till andra religioner. De tvingas ofta ange islam istället för den sanna relionstillhörigheten på sina ID-kort. Hundratusentals kopter har emigrerat från Egypten sedan början av 1990-talet.

Under en period på 1900-talet kunde kristna tillfälligt konvertera till islam för att få skilsmässa – vilket den koptiska kyrkan inte tillåter – och därefter återgå till kristendomen. Domstolarna stoppade dock detta under senare tiders framväxt av mer konservativa religiösa strömningar. En ny omsvängning kom i början av 2008, när den högsta civildomstolen i Kairo, efter en årslång debatt om minoritetsrättigheter och religiös identitet, gav tolv tidigare kristna som konverterat rätt att återgå till sin religion. Utslaget innebar dock inte någon förändring för dem som är födda som muslimer.

Vid samma tid förklarade en administrativ domstol att regeringen inte får vägra medlemmar av baha’isekten att erhålla egna ID-handlingar. Baha’ierna har hittills tvingats registrera sig som muslimer, kristna eller judar.

Enligt Amnesty International ökade angreppen mot koptiska församlingar och kyrkbyggnader under 2008. Det året dog åtta människor i våld mellan muslimer och kopter.

I Naj Hammadi i södra Egypten sköts sex manliga kyrkobesökare och en säkerhetsvakt till döds från en passerande bil efter gudstjänsten på kopternas julafton den 6 januari 2010. Dådet antogs vara en hämnd för att en koptisk man tidigare våldtagit en muslimsk flicka. Dagen därpå rapporterades sammanstötningar mellan protesterande och polis i staden.